З 1999 року Інститут очолює КАРАЧЕНЦЕВ ЮРІЙ ІВАНОВИЧ, доктор медичних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України, завідуючий хірургічним відділенням Інституту, завідувач кафедрою ендокринології та дитячої ендокринології ХМАПО.
Караченцев Ю.І. голова Спеціалізованої вченої ради (Д 64.564.01) ВАК України з правом прийняття до розгляду і проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора медичних наук за спеціальністю 14.01.14 - "ендокринологія" при ДУ "Інститут проблем ендокринної патології ім. В.Я. Данилевського АМН України". Голова Харківського наукового товариства ендокринологів, Віце-президент Асоціації ендокринологів України, член Європейської Асоціації з вивчення цукрового діабету (EASD), член Координаційної ради державної програми "Цукровий діабет".
Указом Президента України від 18 серпня 2009 р. нагороджений орденом "За заслуги" ІІІ ступеня.

Заступник директора з наукової роботи - КРАВЧУН Нонна Олександрівна, доктор медичних наук, професор, Заслужений лікар України, завідувач відділенням фармакотерапії ендокринних захворювань.

Заступник директора з науково-лікувальної роботи - КОЗАКОВ Олександр Вікторович, кандидат медичних наук, доцент, зав. лабораторією епідеміології ендокринних захворювань та організації спеціалізованої допомоги, лікар вищої категорії зі спеціальності "Організація і керування охороною здоров'я", професор кафедри ендокринології та дитячої ендокринології ХМАПО.

Вчений секретар - ПИВОВАРЕВИЧ Лідія Петрівна, кандидат хімічних наук, старший науковий співробітник.